Durante su vida, Daniel Comboni, estuvo convencido de que su obra misionera era obra de Dios. Su muerte no fue una derrota, sino algo así como sembrar granos de trigo, echar raíces profundas para que Dios hiciera crecer un árbol grandioso de apóstoles entregados a la salvación de los africanos, en ese tiempo, y de todo el mundo actualmente. Comboni, tenía presente el evangelio de Juan que dice: «Yo les aseguro que si el grano de trigo que cae en la tierra no muere, queda infecundo; pero si muere dará fruto abundante» (12,24).
Es así que Daniel Comboni, funda el 1º de junio de 1867, el «Instituto para las Misiones de África»: un pequeño grupo de sacerdotes y hermanos de diversas nacionalidades, unidos por un juramento de pertenencia y de fidelidad a la misión.
Monseñor Francisco Sogaro, sucesor de Comboni, en la dirección del vicariato apostólico de África Central, transformó el Instituto en una congregación religiosa. De esta forma aseguraba que no se perdiera el objetivo principal, la misión, la disciplina de todos los miembros y la eficacia de una actividad coordinada. El papa de aquel tiempo, León XIII, aceptó la idea en 1885. Para la formación de los primeros miembros de este nuevo instituto con la colaboración de algunos sacerdotes jesuitas.
La transformación del Instituto Comboniano se dio durante un tiempo en el que se tuvo que abandonar la labor misionera en África, pues durante el mismo año de la muerte de Comboni en Jartum, estalló en Sudán una revolución terrible por parte del Mahdi (profeta), quien destruyo todo a su paso en el territorio sudanés durante 17 años. Algunos misioneros fueron asesinados, otros torturados y encarcelados.
Así fue como nació el Instituto internacional actualmente llamado Misioneros Combonianos del Corazón de Jesús. El día de hoy, son mil 612 en total (19 obispos, mil 215 sacerdotes, 257 Hermanos y 121 estudiantes en su última etapa de formación) que trabajan en 40 naciones de África, América, Asia y Europa.